Một số tổ chức lên tiếng chỉ trích mạnh mẽ và cho rằng văn bản này còn quá nhiều khiếm khuyết đối với ASEAN, một tổ chức tập hợp nhiều quốc gia có các thể chế chính trị khác nhau, từ chế độ toàn trị tại Việt Nam, Lào, cho đến các nền dân chủ tự do như Philippines và đánh giá chung rằng Tuyên bố nhân quyền ASEAN được thông qua bất chấp dư luận dè dặt.[13]

Liên đoàn Quốc tế Nhân quyền cho rằng tuyên bố đã xé tan những chuẩn mực nhân quyền được chấp nhận từ lâu và coi thường sự thống nhất của quốc tế về các nguyên tắc nhân quyền đã có từ sáu mươi năm qua, ngoài ra toàn bộ văn bản không theo chuẩn mực quốc tế. Phil Robertson, phó giám đốc châu Á của tổ chức nhân quyền Human Rights Watch cho rằng đây chỉ là trò đánh bóng mặt mũi.[7]

Có ý kiến cho rằng Tuyên bố này đã minh chứng sự xung đột đang hiện hữu trong nhận thức về nhân quyền ở các cộng đồng, lãnh thổ và quốc gia và đã góp phần nới rộng khoảng cách giữa giá trị Nhân quyền theo kiểu Đông-Tây và việc thừa nhận và tôn trọng sự khác biệt trong nền tảng văn hóa, tư tưởng và thể chế chính trị là điều không thể không thực hiện giữa các cộng đồng và các quốc gia này. Đồng thời chú trọng việc đảm bảo về mặt quyền lực chính trị hơn là bảo vệ nhân quyền, nhất là việc các nguyên tắc Nhân quyền và các quyền tự do căn bản có thể bị giới hạn để đáp ứng các yêu cầu về an ninh quốc gia, trật tự xã hội, và đạo đức [6]

Tuyên bố này cũng bị coi là mang nặng việc ban phát nhân quyền của những người lãnh đạo và dù ra đời sau hơn 60 năm so với bản Tuyên ngôn Quốc tế Nhân quyền lại đang dần phủ nhận những giá trị phổ quát, mang một tinh thần hẹp hòi và chủ nghĩa quốc gia trong cách nhìn nhận về nhân quyền.[6] Đồng thời Tuyên bố hàm chứa những lỗ hổng mà họ lo ngại sẽ bị các chính phủ lợi dụng để tiếp tục đàn áp.[12]